มูลนิธิยังดำเนินงานร่วมกับองค์กรต่างๆภายนอก โดยดำเนินงานในรูปเครือข่าย และในรูปความร่วมมือต่างๆ เช่น ศูนย์เทคโนโลยีอิเล็กทรอนิกส์และคอมพิวเตอร์แห่งชาติ (เนคเทค) สถาบันพัฒนาและรับรองคุณภาพโรงพยาบาล สำนักงานวิจัยเพื่อการพัฒนาหลักประกันสุขภาพไทย แผนงานพัฒนาระบบข้อมูลข่าวสารสุขภาพแห่งชาติ United States Pharmacopeia (USP), International Network for Rational Use of Drugs (INRUD), ศูนย์ความร่วมมือขององค์การอนามัยโลกด้านนโยบายยา (คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ดและศูนย์ศึกษาสาธารณสุขนานาชาติและการพัฒนา มหาวิทยลัยบอสตัน) ตลอดจนเครือข่ายโรงพยาบาลและร้านยา
มูลนิธิเป็นศูนย์ความเป็นเลิศของเครือข่ายการประกันคุณภาพยาในภูมิภาคเอเชียของ United States Pharmacopeia